Pada 2001, Canselor Universiti Sydney Dame Leonie Kramer telah dipaksa untuk meletakkan jawatan oleh perbadanan pentadbiran Universiti.[13] In 2003, Nick Greiner, seorang bekas Ketua Menteri NSW, telah meletakkan jawatan beliau dari kedudukannya sebagai Pengerusi Sekolah Pengurusan Siswazah oleh kerana tunjuk perasaan terhadap kepengerusian serentak British American Tobacco (Australia). Kemudian, isteri beliau, Kathryn Greiner, meletakkan jawatan pada tunjuk perasaan dari dua kedudukan dia memegang di Universiti sebagai Pengerusi Sydney Peace Foundation dan seorang ahli majlis eksekutif Research Institute untuk Asia dan Pasifik.[14] Pada 2005, the Public Service Association of NSW dan kampus Community and Public Sector Union berada dalam pertikaian dengan Universiti ke atas cadangan untuk menywastakan pengawalan di kampus utama (dan kampus Cumberland.)[15]

Pada Februari 2007, Universiti bersetuju untuk memperolehi sebidang tanah yang diberikan ke St John's College untuk membangunkan Sydney Institute of Health and Medical Research. Sebagai institusi Katolik, dari segi pemberian tanah St John's meletakkan pengehadan pada jenis penyelidikan perubatan yang dapat dilakukan di premis bertujuan untuk mengekalkan misi College. Ini telah menyebabkan kebimbangan di kalangan sesetengah kumpulan yang mengemukakan alasan bahawa ini dapat mengganggukan penyelidikan perubatan sains. Walaubagaimanapun, ini telah ditolak oleh pentadbiran universiti kerana bangunan itu bukanlah untuk tujuan ini dan banyak kemudahan-kemudahan berhampuran di mana sebarang penyelidikan dapat diadakan.